企业办理 FDI 的商务部门审批流程如下：首先，企业需要向商务主管部门提交申请材料，申请材料包括项目情况说明、投资方信息等，进行外资准入审批。项目情况说明应详细阐述投资项目的背景、目的、建设内容、投资预算、预期收益和风险评估等方面。投资方信息要包括投资主体的注册登记证明文件、公司章程、财务报表等。如果是境外企业作为投资主体，其注册登记文件需经过公证及中国使领馆认证，以确保其真实性和合法性在国内得到认可。

商务部门会对企业提交的申请材料进行审查，审查内容包括企业的投资项目是否符合国家产业政策、是否属于外商投资准入负面清单中的限制或禁止类项目等。如果企业的投资项目属于鼓励类项目，且投资规模符合相关要求，商务部门会加快审批进度。审查通过后，企业会获得商务部门的批准文件，该文件是企业进行后续工商注册登记、外汇登记等手续的重要依据。

企业办理 FDI 的外汇登记流程大致如下：开好基本户后，先到注册地的银行做 FDI 外汇登记。这一步主要是对境外股东的出资信息做登记，包括境外股东身份、认缴的注册资本、出资方式等。在资料齐全的情况下，可以在 3 - 5 个工作日内完成 FDI 外汇登记，拿到银行出具的《业务登记凭证》。这张凭证也是后续开立资本金账户的必备资料之一。需注意，境外股东汇进来的资本金不能超过 FDI 外汇登记的出资额。登记时，大的出资额为境外股东认缴的注册资本。

具体来说，企业在进行外汇登记时，需要准备一系列材料，如营业执照、市场监督管理部门出具的核准通知书（按规定无需提交的除外）、公司章程、股权架构（需清晰，一直往上追溯）、若境外股东为公司，提供相应注册证明书、书面申请（客户出具说明）盖公章，内容包括公司名 + 统一社会信用代码 + 公司成立日期 + 说明公司向贵行申请办理境内直接投资基本信息登记业务，办理资本金业务登记凭证 + 请贵行予以协助、境内直接投资基本信息登记业务申请表等。若为境内企业，在办理外商投资登记时除提供标准化材料以外，需要提供外方机构设立时的境内机构境外投资 ODI 登记全部资料。若为境内个人，则需要提供境内个人在银行或外汇局办理个人特殊目的公司登记的全部资料。