北京市密云区企业向发改委申请立项，首先要进行项目筹备。明确项目的基本情况，包括项目的名称、性质、建设内容、投资规模等。

进行项目的前期调研和可行性分析，确保项目具有可行性和必要性。
准备申请材料，项目立项申请书包含项目概述、建设背景、建设内容、投资估算等。

可行性研究报告对项目的技术可行性、经济合理性、环境影响等进行全面分析。

相关证明文件如企业营业执照、法定代表人身份证明、项目选址意见、土地预审意见（如有）等也需准备齐全。
登录北京市密云区发改委指定的在线申报系统，填写项目信息并上传申请材料。发改委对提交的申请材料进行初步审查。如材料不齐全或不符合要求，会通知企业补充或修改。
对于部分项目，发改委可能会进行现场核查，了解项目的实际情况。组织专家对项目的可行性、技术方案等进行评审。
发改委根据初审、现场核查和专家评审的结果，进行综合评估和审批决策。对审批通过的项目，下达立项批复文件。企业凭立项批复办理后续的规划、环保、施工许可等相关手续。